Desde muy joven también ayudaba a su padre como organista y acompañante antes de completar sus estudios en Alemania entre 1645 y probablemente 1647. Se hizo miembro de la orquesta de la corte sueca en Estocolmo en 1648 y heredó las posiciones principales de su padre como su director y como organista de la Iglesia Alemana (Tyska Kyrka) en 1663. La mayoría de sus obras sobrevivientes son canciones con continuo; casi todas están en manuscrito, pero existe también la colección impresa "Odae sveticae" sobre poemas de Samuel Columbus (Estocolmo, 1674); varias de sus canciones eran piezas de circunstancia. Su pocas obras corales son principalmente para más de cuatro voces, cuatro o cinco instrumentos y continuo: ejemplos son "Veni Sancte Spiritus" (1650 o 1651), "Fader vår" (‘La Oración del Señor' , 1663) y "Surrexit Pastor Bonus" (1664). Hay también unas pocas piezas instrumentales y un preludio y suite para teclado.

Edición discográfica con obras de Gustaf Düben

Gustaf Düben es particularmente importante por sus actividades como coleccionista. La Colección de Düben, donada a la Universidad de Uppsala por su hijo en 1732, fue compilada esencialmente por él. Su parte principal consiste en 1500 obras vocales en manuscrito: 1200 son de 200 compositores conocidos y 300 son anónimos. Hay también más de 300 obras instrumentales en manuscrito y un poco de música impresa. La colección que incluye muchas obras únicas es una de las más ricas de la segunda mitad del siglo XVII. Los compositores mejor representados de música vocal son J.P. Krieger, Du Mont, Erben, Peranda, Georg Arnold, Pohle, Bernhard, Vincenzo Albrici, Carissimi (todos con 16 o más obras), Kaspar Förster (39 obras), Geist (59), Capricornus (65), Pfleger (96) y Buxtehude (105).

No se sabe exactamente cómo adquirió Düben esta inmensa cantidad de material, pero es evidente que una gran parte de la colección consiste en copias que fueron hechas por él y por otros músicos que trabajaban en Estocolmo. Varios autógrafos de compositores extranjeros testifican sus buenos contactos internacionales; un ejemplo es el autógrafo de Buxtehude de su ciclo de cantatas "Membra Jesu nostri", con una dedicatoria a Düben. Para todas las obras vocales parece haber pensado incluir colecciones de partes así como versiones en tablatura coleccionadas en volúmenes limitados; de esta colección dentro de la colección completó cinco volúmenes titulados "Motetti e concerti" que están fechados en 1663–67.